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Dans tous les cas, le plan de coupe doit être perpendiculaire à la surface de la muqueuse, donc vertical si cette surface est placée horizontalement.Dans certains cas, le plan de coupe vertical doit être orienté dans une direction horizontale particulière (ex : perpendiculaire à la limite de la lésion).Une fois détaché, un fragment de muqueuse buccale perd une grande partie de ses couleurs et de son aspect, il tend à se mouler sur la forme du flacon.Plongé dans le liquide fixateur, il devient méconnaissable.C’est pourquoi il est intéressant de faire des points de suture qui vont servir de guide pour l’orientation : réaliser un point de suture avec un grand fil sur un côté et un fil très court sur un autre, permet d’orienter le prélèvement envoyé au laboratoire et aussi de ré intervenir à l’endroit exact s’il faut prélever un peu +, par ex, le côté du grand fil de sutureAu laboratoire, il est encore plus difficile pour la pathologiste de choisir l’orientation des coupes à effectuer. En pareil cas les coupes peuvent être difficiles à interpréter ; il faut donc procéder à des prélèvements orientés et fixés.

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